Ročni CIP in avtomatski CIP sta dva običajna načina čiščenja opreme za čiščenje. Ročni postopek CIP čiščenja zahteva ročno krmiljenje, medtem ko avtomatski CIP uporablja avtomatiziran sistem za doseganje čiščenja.
Ročni CIP zahteva, da osebje ročno nadzira proces čiščenja, vključno z odpiranjem in zapiranjem ventilov, črpanjem čistilnih sredstev in izpustom odplak. Ročno delovanje zahteva od upravljavca določeno tehnično znanje in izkušnje ter mora dosledno upoštevati delovne korake in urnik. Ročno čiščenje CIP je veliko in zapleteno, nepravilno delovanje pa lahko zlahka povzroči nepopolno čiščenje ali poškodbe opreme.
Nasprotno pa ima avtomatsko CIP čiščenje višjo stopnjo avtomatizacije in inteligence, njegov delovni proces pa samodejno krmili računalniški program. Nadzorni sistem avtomatskega CIP lahko samodejno prilagodi čas in temperaturo pranja ter samodejno preklopi vrsto, koncentracijo in pretok pralne tekočine. Poleg tega ima samodejni CIP tudi funkcije zbiranja in analize podatkov, ki lahko spremljajo učinek čiščenja v realnem času. Samodejni CIP je preprost, priročen in hiter za uporabo, kar ne le zmanjša tveganje napačnega delovanja, ampak tudi izboljša učinkovitost in kakovost čiščenja ter zmanjša stroške čiščenja.
Na splošno imata ročni CIP in avtomatski CIP svoje prednosti in slabosti, vendar je z napredkom tehnologije avtomatski CIP postal glavna konfiguracija čistilne opreme
